土著菌就生活在我们周围的自然环境中，走进阔叶树林或竹林，在落叶且腐殖质多地方，扒开树叶或杂草就可以看到细丝壮白色菌落，这就是有益的土著微生物。

土著微生物是多种有益微生物的混合群，土著微生物按好嫌气性分有好气菌、嫌气菌；按菌种分有酵母菌、曲霉菌、放线菌、乳酸菌、芽孢菌等。

可以在不同的季节、不同的地点采集不同的菌种。采集到的原始菌种应放在室内阴凉、干燥处保存。

采集方法 （可以在当地山上落叶聚集较多的山谷树林中采集 ）

把做的稍微有一点硬的大米饭(1kg～1．5kg)，装入用干净杉木板做的小木箱(25cm×20cm×10cm)约三分之一，大米饭上面盖上宣纸，封好口，将其埋在当地山上落叶聚集较多的山谷树林中。为防止野生动物糟蹋，木箱最好罩上铁丝网。夏季经三～五天，春秋经六～七天，周边的土著微生物潜入到米饭中，形成白色菌落（放置时间稍长时会形成各种颜色菌落，虽然也能利用，但最好还是用白色菌落）。然后掺入原材料量1/3左右的红糖，将其混合均匀(数量是坛子的三分之一)，把变的稀软状态的米饭装入坛子里，盖上宣纸，用线绳系好口，放置在温度18℃左右地方。大约放置7天左右，就会变成液体状态，饭粒多少会有些残留，但不碍事。简单过滤后就是土着微生物原液。

活性好的土著菌可以用由人工培养、扩陪成纯度高的微生物菌群！

土著菌发酵床养猪技术、养鸡技术是利用自然环境中的生物资源，采集土壤中的多种有益微生物进行培养扩繁，使其形成有相当活力的微生物母种，再按一定比例将微生物母种与锯木屑等辅料和活性剂混合发酵形成有机垫料。让猪、鸡从小到大都生活在这种有机垫料上，猪、鸡的排泄物被有机垫料里的微生物迅速降解、消化，不需进行人工处理，达到零排放。